天主教在明朝、清初两场震动朝野的教难，看风波之中传教士与本土信徒坚守信仰的风骨。
第一场大事，就是万历四十四年（1616）南京教案，也是天主教入华后第一场大规模教难。
早年利玛窦带来西学，南京教务一度十分兴旺。但天主教本是外来信仰，教义、礼仪和传承千年的儒家风俗存在天然隔阂；随着传教士深入城乡、信众规模扩大，地方乡绅、百姓难免生出猜忌与误解，矛盾越积越深。
风波导火索，是时任南京礼部侍郎沈㴶（jué）。此人固守传统礼法，接连三次上疏弹劾天主教，要求从严惩办核心传教士、其余全部驱逐出境。他在奏疏里列出三大反对理由：
第一，儒学是治国根基，天主教广为传播，会动摇王朝道统；
第二，教会不祭祖、不遵宗族礼法，教人不孝不悌，彻底破坏传统孝道伦理；
第三，耶稣会士王丰肃在南京正阳门修建西式无梁穹顶大殿，建筑形制、规制完全背离中原礼制，暗藏隐患。
奏疏递到万历皇帝手中，天子起初对西洋宗教一无所知，随即下令南京官府全城搜捕教徒。官兵抓获王丰肃、谢务禄两位神父，连带本土信徒十四人、孩童五人，钟鸣礼、张定等八名骨干一并收押。
万历四十五年朝廷下旨，命所有西洋传教士尽数遣返西洋，平息地方风波。沈㴶亲自提审王丰肃，审讯中动用酷刑；之后把神父关进木笼，一路押解至广州，沿途受尽折辱。城内天主教堂、教士居所尽数拆毁，就连已经病逝的传教士，也被下令开棺查验，可见当时排外情绪之激烈。
危难时刻，本土信徒尽显信仰赤诚，无人认罪求饶，大多坦然承受刑讯，只求能为信仰殉道。教徒姚如望自制小旗，写上姓名、籍贯、身份插在头顶，主动赴官衙，直言甘愿为主舍命。这场教难里，诞生了中国天主教史上第一位殉道者——33岁南京糕贩夏玉，被捕后惨死于牢狱。其余被捕信众，审判后大多发配充军，即便流放受苦，也不曾背弃信仰。
危难之中更有开明士大夫挺身护教：徐光启写下千古名篇《辩学章疏》，公开驳斥沈㴶的指控，直言天主教无害社稷；北京的龙华民、方济各藏在徐光启家中避险。李之藻腾出宅院收留教士，杨廷筠将郭居静、艾儒略、龙华民等人尽数安置家中庇护。正是这一批懂西学、明事理的士大夫全力保全，天主教才没有在南京教案中彻底断绝，风波过后教务得以缓慢复苏。
第二场教难：康熙初年历狱（1659—1669）
时隔半个世纪，清初爆发第二次重大教难，主导者是安徽保守士人杨光先。此人极端排斥西洋一切文化，顺治末年便多次上书，直指天主教是祸国邪教，凭空诬陷汤若望借修历法暗中图谋不轨。
1661年顺治驾崩，年幼康熙登基，辅政大臣鳌拜本就敌视西洋人，杨光先趁机罗织重罪，控诉汤若望“借修历之名，私传邪教，暗中窥探天下，暗藏谋反之心”。汤若望、利类思、南怀仁、安文思悉数下狱，钦天监信奉天主教的官员李祖白等人一同被捕。
当时汤若望已经73岁高龄，身患重病瘫痪在床，连说话都做不到，依旧被带上枷锁严刑审讯，移交刑部定罪。朝廷议定：将一众传教士押往广州永久软禁，禁止一切传教活动。1664年礼部正式革去汤若望所有官职，一干人等打入刑部大牢，原定处以绞刑。
就在行刑前夕，康熙四年四月十六，京城突发大地震，房屋倾颓、百姓死伤无数，朝野人心惶惶。文武百官都认为，刑狱含冤、政事失和，才招致上天降灾示警，连忙上报孝庄文太后。太后得知后震怒，当即传下懿旨：汤若望侍奉先帝多年，专精天文历法，年衰病重，免除死罪，释放归家。
五月十七日，全案暂缓处置，汤若望等西洋传教士得以出狱。可本土信教官员没能幸免，李祖白等五人惨遭处斩，佟国器等人也遭到贬谪。汤若望出狱后暂住南堂，次年八月病逝，终年75岁。
杨光先靠诬告上位，接任钦天监监正，可他全然不懂天文测算。1668年，南怀仁当众指出杨光先历法中七处关键测算谬误，二人当众实测比拼西洋新法与传统旧历，南怀仁大获全胜，历法精度高下立判。
1669年康熙亲政，召开专门历法会议，查清当年冤案，将杨光先革职查办，重新任命南怀仁为钦天监监副，为汤若望恢复“通微教师”封号，依原品厚赐抚恤，遇害的五位官员全部平反复职。杨光先因诬告谋逆重罪，被遣送原籍，在返乡途中病逝，这场牵连朝野的历狱，终于彻底昭雪。
从利玛窦入京到汤若望离世，天主教在华传播几经起落，虽之后又爆发礼仪之争，清廷长期下达禁教令，却始终没能彻底断绝信仰火种。十七、十八世纪迎来教务高峰：1701年全国教堂229座，在华外国传教士103人，本土信徒突破三十万。即便清中期严格禁教，19世纪前三十年，仍有15名外籍教士公开在各省活动，另有31名教士隐蔽地下传教。
教会史学家赖德烈评价这段历史，有一句耐人寻味的总结：让人诧异的从来不是基督教屡遭迫害，而是历经无数风波，它依旧在中国这片土地顽强存活、生生不息。
史实勘误&注释
1. 沈㴶：常被误写沈榷，读音jué，万历四十四年三上《参远夷疏》
2. 夏玉：首位本土殉道者，南京教案殉教糕贩；姚如望主动赴难插旗明志
3. 历狱关键节点：1664定罪凌迟，地震+孝庄太后介入免汤若望死罪；1669康熙亲政平反
4. 杨光先名言：“宁可使中夏无好历法，不可使中夏有西洋人”
5. 护教三柱石：徐光启、李之藻、杨廷筠，合称“明末天主教三大柱石”
