就在大刀会的事件已经风平浪静之时，鲁西南突然又发生了一件大教案。1897年11月1日的深夜，在巨野县的磨盘张庄教堂，两名德国传教士被一群来历不明的人杀死，史称“巨野教案”或“曹州教案”。
10月31日，也就是事件发生的前一天，本是基督教的万圣节，用中国人的思维来说，这就是西方的“鬼”节，各种妖魔鬼怪和巫婆们都会在这个夜晚集体出动，群魔乱舞。这一天，在郓城传道的韩理神父因为工作开展不顺利而心情沮丧，于是在巨野县传教的薛田资便邀请他来磨盘张庄教堂小聚，顺便一起进行万圣节的祝祭仪式。当时还有一个在阳谷县一带传教的能方济神父也来参加这个祝祭仪式，他原本打算仪式结束后去拜访曹县的另一个神父，但因为下雨而在薛田资的教堂里过夜，不料这一宿却断送了自己的性命。
巨野县距济宁约五十里，处于曹州（今菏泽）与济宁的中间，郓城、阳谷与梁山县在其北边，曹县、单县、成武县及金乡县（也就是大刀会的中心区域）在其南边约一百里不等。熟悉《水浒传》的朋友都知道，此地便是当年梁山泊好汉活动的中心区域。
这一晚本来该死的人是薛田资，但他在临睡前把自己的卧室让给了两个客人，自己却睡到了看门人的房间。就在当晚的午夜时分，一群人冲进教堂，他们打着火把，一边放枪，一边径直冲进薛田资的住处，将屋内的韩理和能方济乱刀砍死。由于屋内出现了两个外国人，这群人意识到被杀的可能不是薛田资，于是他们又到教堂的各个房间搜查，但这时村里的教民闻讯赶来，这群人没来得及搜查仆人房间，薛田资这才幸免于难。
由此看来，这应该是一场有计划的谋杀。因为是外国人被害，事态严重，当地官员立刻行动起来，之后逮捕了当地的一些土匪流氓，还有一些与教会、教民有仇隙的人，这次的破案极为神速，很快便有两人被处死抵罪。按官方的说法，当晚参与整个事件的人有11个，都是些平素游荡度日的游民，他们听说磨盘张庄教堂存有钱物，于是便起意行窃，并于当夜二更时分潜入教堂，结果导致传教士被害，财物被抢劫。
这个处理结果，很大程度上是当地官府为了尽早结案而随意找了几个替罪羊。从各种材料来看，不但薛田资对此表示不满与怀疑，就连当地人也不相信这个结果。当地官府把这个事件定义为“起意行窃、强盗杀人”，这并不是一个认真调查后的真相，因为当晚并没有多少抢劫的迹象。
当地有这样一个说法，说是巨野县独山集小刘村有个叫刘德润的人，他与江湖绿林好汉多有交往，1897年的时候他被人告发，巨野知县派人去抓捕他，而前去执行任务的新任捕头魏伯溪，此人原是刘德润的同伙，但这次他并没有顾及当年的战斗友谊。刘德润得知消息后逃到了安徽，结果他的妻女被魏伯溪带人捉拿收监。刘德润气愤之下纠集了他的一些拳友（其中就有不少大刀会的成员），并决意报复官府与魏捕头。他们的计划是，杀掉当地惹人憎恨的薛田资神父以陷知县和捕头于困境，使知县的仕途化为泡影。
在后来的记叙中，当事人薛田资多次指责大刀会参与了这场凶杀。他说，在“曹、单教案”后，“大刀会仍在继续活动，他们对洋人的仇恨越来越深，烧毁天主教堂成了他们严厉报复的主要手段。……他们的第一个行动就是谋杀能方济和韩理两位神甫。在寂静的1897年11月1日之夜，他们袭击并疯狂至极地谋杀了圣洁的教士”。薛田资的话不免也有谎言的成分，事实上，当晚这群人要对付的不是能方济和韩理，而是薛田资自己。薛田资之所以要把焦点引向两位被误杀的神父，主要是为了掩盖他在当地民愤甚大的事实。
薛田资对中国并无好感。1893年来到中国时，他曾用这样的话描述了他对中国人的第一印象：“我们进入这天朝之国的大门时，发现（中国人）没有信心，他们用狡诈、骄傲和藐视来回答我们探寻的目光”。在他的眼中，中国的官员懒惰而因循守旧，中国的食物难以下咽；在一次旅行中，因为忘记带叉子和匙子，他被迫用“两根短棍”来吃东西。
传教过程中，薛田资对当地人心怀不满甚至充满偏见，在他看来，他的教民在当地如同“外国人”，总是受到村民们的侧目和嘲弄；如果有人入教，他的言行就会被人监视，朋友离弃他，连亲戚都不再相认，整个村庄都视其为外人，甚至编造各种诽谤来非难和攻击他；教民的小孩被骂做“小鬼子”，村里的孩子不和他们玩，村中的娱乐活动也不让教民们参加，村民们总是抓住一切机会来嘲笑并拿教民取乐；要是村中丢了东西，村民们一定指责是教民偷的，失主甚至会跑到教民的家门口耀武扬威地大声叫骂。
根据薛田资的自述和当地的口碑材料，可以确信他在吸收教民过程中曾经与附近的曹庄庄长曹作胜发生过矛盾。1896年的圣诞节，有五位曹庄的村民来磨盘张庄教堂听道，并向薛田资表达了入教的愿望，随后薛田资派出一个中国教师前往曹庄，这几个曹庄的村民将村前的戏棚改为祈祷处，后来这里变成了教堂兼学校。不久，以这五个人为基础的二十几户人家都加入教会，这几乎占到了曹庄一半的人口。
最开始，曹作胜也想加入教会，但薛田资听说有人告发他偷盗并杀死邻村的母牛，入教是为了寻求教会的保护，于是薛田资便拒绝了曹作胜的请求。由于入教的村民拒绝负担村中迎神赛会的费用，而且公用的戏棚也变成了教堂，这加剧了以曹作胜为代表的乡村传统势力与教民的冲突。作为庄长，曹作胜感到自己的面子受损，于是他煽动村民们断绝与教民的来往，由此教民和村民形成对立。但是，占据村中一半人口的入会村民经常在一起聚齐祈祷，这和传统涣散的村民结构形成了很大的威胁。在此情况下，曹作胜试图引入外部力量，这便是与大刀会的联手。由此，薛田资在案后一直指责曹作胜勾结大刀会杀害了两位传教士。
教会在中国发展教民时，最初吸引的多为一些弱势群体，因为教会可以施舍一定的金钱和粮食，起到维持生存的慈善作用；另外，教会经常干涉词讼，为那些遇到麻烦的人提供保护伞，譬如大刀会指责教会收留了盗匪“岳二米”的部下（而这些盗匪本就是一些赤贫者），后来庞三杰加入教会也是其中一例。
由此，教会打破了传统的乡村秩序而形成另外一种势力，这种势力甚至可以凌驾于地方官府之上，一些教民在与村民发生矛盾时，常常通过传教士介入诉讼，传教士又向官府施加压力，如此一来，往往是教民一方获胜。如果地方官不肯屈服的话，传教士则有可能通过主教向北京的公使们向总理衙门施压，总理衙门稍有抗拒，这些公使们便动辄恫吓要自行保护教会的利益。由此，总理衙门不胜其扰，只得责令地方官府尽可能地就地解决这些“民教”争端，地方官也不得不“袒教而抑民”。如此一来，民众在“民教”冲突中失去了国家公权力的保护而只能在赤手空拳、毫无防护的状态下与教会及一些无赖教民进行抗争，这种冤抑一旦爆发出来，势必造成更大的风潮。
“巨野教案”发生后的第三天，正在意大利休假的安治泰收到了圣言会两位传教士被害的消息后，他立刻起身前去柏林，并向德皇建议：“如果德意志帝国真的想在东亚取得一个属地，并重新巩固我们几已扫地的威信，这将是最后一个机会”。不待安治泰的建言，德皇在前一天便得知了消息，随后便公开炒作了他对此事的愤怒：“我刚才在报纸上读到山东省内我保护的德国天主教突遭袭击的消息，舰队必须采取积极行动，报复此事。如果中国政府方面不立即以巨款赔偿损失，并实力追缉及严办祸首，舰队必须立刻驶往胶州占领该处现有村镇，并采取严重报复手段，我……决定要以极严厉的，必要时并以极野蛮的行为对付华人。”
事实上，德皇的愤怒是蓄谋已久的。作为一个后发的欧洲强国，德国对海外扩张已是急不可待，而中国的胶州湾成为了德国推行全球政策的第一起点。德国地理学家李希霍芬曾7次到中国旅行，他早在1869年就认为，“胶州湾乃中国最重要之门户”，“欲图远东势力之发达，非占胶州湾不可”。甲午战争结束后，德国一改战时对华漠不关心的态度，突然积极参与“三国干涉还辽”，其中便不无获取胶州湾之企图。
对德国来说，教会的事不重要，重要的是租借胶州湾。1898年3月6日，《中德胶澳租借条约》正式签订，其主要内容包括德国租借胶州湾99年，租借期间，租界均归德国管辖，中国无权治理；德国获得胶济铁路的铺设权并获得铁道沿线30里内的矿产开发权；山东省内如开办各项事务，商定向外国招集帮助办理，或用外国人，或用外国资本，或用外国料物，均应由德国商人优先承办。由此，山东成为了德国的势力范围。
